Yemek borusunun alt ucunda mide içeriğinin yemek borusuna geçişini engelleyen sfinkter (kapak) sistemi vardır. Gıda alımı ile bu kapak mekanizması açılır ve gıdalar mideye geçer daha sonra kapak sistemi kapanarak gıdaları yemek borusu, ağza geçişi engellenir. Sağlıklı insanlarda 24 saat boyunca yutmaların %5’i kadarında reflü görülebilir fakat bu hastalık oluşturmaz. Bunun sıklığı ve reflü içeriğinin midede kalış süresi uzadıkça hastalığın şiddeti artmaktadır. Yemek borusunun mukozasındaki (iç yüzü) zararın nedeni mide içerisindeki asid ve proteinlerin sindirimi yapan pepsin ve benzeri kimyasal maddelerin irritan etkilerinden kaynaklanmaktadır.